โรงเรียนบางปะอิน ตั้งอยู่เลขที่ 121 หมู่ 3 ตำบลบ้านเลน อำเภอบางปะอิน  จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2499  ในเนื้อที่ 15 ไร่ 3 งาน 200 ตารางวา  เปิดสอนเมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม 2499 ในระดับประถมศึกษา ต่อมา พ.ศ. 2518 เปลี่ยนหลักสูตรเป็น ชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 - 6 ต่อมาในปี 2520 ได้เปลี่ยนเป็นมัธยมศึกษาตอนต้น ม.1 – ม.3  จัดการสอนระดับชั้นประถมศึกษาตอนปลาย พ.ศ. 2520 ได้เปลี่ยนเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาอีกครั้งหนึ่งตามคำสั่งกระทรวงศึกษาธิการที่ 201/2520  โดยเปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1 - ม.3)  ผู้ก่อตั้ง คือ นายผาด  ศรีวณิช ซึ่งเป็นอดีตนายอำเภอบางปะอิน ได้ใช้เงินบำรุงท้องถิ่นจำนวน  214,570 บาท  และ เงินงบประมาณ  50,000 บาท รวมเป็นเงินค่าก่อสร้างทั้งสิ้น  264,570 บาท  พ.ศ. 2517 ได้งบประมาณสร้าง อาคารเรียนแบบสามัญ 008 โดยประชาชนบริจาคที่ดินให้ และโรงเรียนซื้อที่ดินเพิ่มเพื่อขยายพื้นที่ออกไปทางทิศใต้อีก  รวม 3 ไร่  306  ตารางวา   ด้วยเงิน 50,000 บาท จึงรวมเป็นพื้นที่ทั้งหมด 19 ไร่ 2 งาน  6 ตารางวา และได้ขยายชั้นเรียนเป็นระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ในปี พ.ศ. 2540 จนถึงปัจจุบัน